Hvorfor bruger vi en negativ kontrol i PCR?

Svar:

Se nedenunder

Forklaring:

PCR virker ud af et template DNA. Lad os sige, at du tester for hiv (HIV er en RNA-virus, men når den går i en celle, bliver den omdannet til DNA …. så der vil være HIV-DNA i en inficeret celle). De primere du bruger, vil lave et produkt (amplicon), der svarer til en del af HIV-DNA'et. Hvis du ser denne amplicon, så har du HIV-sekvensen til stede ….. men hvis du ikke har en negativ kontrol, kan du have forurening.

PCR er ekstremt senstitiv. Der er mange løsninger, der anvendes i PCR (vand, buffer, dNTP'er, enzym) … og alle kan nemt blive forurenet med DNA fra andre prøver eller endda fra den amplicon, der blev lavet i den reaktion, du gjorde i går. Så hvis du har patient X's stikprøve af DNA, og du kontrollerer hiv ved hjælp af PCR, kan PCR-primere gøre et produkt af HIV-DNA'et i Patient X's DNA-prøve (hvis den pågældende har HIV), eller det kan fjerne det fra forurening. Men du kan ikke fortælle om det er fra forurening eller fra HIV i patientens DNA.

Så du kører en vandkontrol. Tube 1 du placerer alle reaktionskomponenterne, og for DNA'et tilføjer du kun vand. Dette er den negative kontrol. Intet burde forstærke her. I Tube 2 sætter du alle reaktionskomponenterne og Patient X's DNA. Hvis du får et produkt her, (og intet i rør 1) har patienten X nok hiv-DNA'et i hans / hendes DNA. Hvis du får et produkt i både Tube 1 og Tube 2, har du et forureningsproblem, og du kan ikke vide, om HIV i patientens prøve er fra sygdommen eller fra forurening.

Så du kører altid en vandkontrol (vand i stedet for DNA).