Hvad er problemet, hvis båndene ikke vises i Western Blot?

Hvad er problemet, hvis båndene ikke vises i Western Blot?
Anonim

Svar:

Mange…

Forklaring:

Der er mange grunde til, at bands måske ikke vises på en western blot. Har prøve- og antistofkombinationerne arbejdet tidligere?

Nedenfor er kun nogle, jeg kan tænke på i øjeblikket, der kan få båndene ikke til at vises:

  1. Overførte proteinet fra gelen? Prøv at farve membranen med noget som ponceau S eller amido sort for at se om båndene er til stede. Nogle gange kan du se proteinbåndene på membranen ved at væde det og holde det i en vinkel på lyset.

  2. Er det primære antistof arbejde? Dette er en svært at teste, og den eneste måde du kan, er ved at inkludere en positiv kontrol, hvor du ved, at du har proteinet af interesse, der er til stede. Hvis du har noget af proteinet af interesse, kan du prøve at spotte det på den vestlige blottemembran (dvs. du løber ikke gelen) og se om du får et resultat, hvis du behandler membranen som om det var en western blot.

  3. Er det sekundære antistof genkende det primære antistof? Igen, en hård en til at teste. Om den eneste test, du kan gøre, er stedetprøven nævnt ovenfor i 2.

  4. Fungerer "detektionssystemet"? Afhængigt af detekteringsmetoden du bruger, kan du forsøge at spike i nogle af det sekundære antistof for at se om detektionsopløsningen og også udløsningsmidlet / enzymet på det sekundære antistof virker. Det vil sige, kan du udløse reaktionen bare med det sekundære antistof?

Endelig kunne det være så enkelt som en af de løsninger, der blev brugt under sonderingen af plottet, der blev oprettet ukorrekt. Hvis for eksempel saltkoncentrationen er forkert i bufferen, kan dette medføre, at antistofferne frigives fra blottet. Det samme ville også ske, hvis bufferens pH var forkert.

Den "mærkelige" årsag til en western blotning, der ikke virker som jeg har oplevet, var, da vi skiftede leverandøren af det mælkepulver, vi plejede at blokere membranen. Pulveret fra den nye leverandør indeholdt en phosphotyrosinphosphatase, som fjernede alle de fosfatgrupper, som vi forsøgte at opdage med vores anti-phosphotyrosin-antistof.